on
110 words, ~ reči, ~ речи, ~1 min read min čitanja мин читања
Омотач за MotEvo
За један од својих пројеката користио сам MotEvo. MotEvo (Arnold et al. 2012)1 је бајесовски пробабилистички модел за предвиђање места везивања транскрипционих фактора (TFBS) за задати скуп позиционих тежинских матрица (PWM) и ДНК секвенци. Развијен је у лабораторији van Nimwegen-а на Biozentrum-у (Универзитет у Базелу, Швајцарска), а може се преузети овде.
Недавно сам написао једноставан омотач за MotEvo који омогућава да се покреће из Python-а. Успут сам га и објавио на PyPi серверу, тако да се може инсталирати једноставним покретањем:
pip install motevowrapper
Више детаља (ускоро, надам се, и са комплетном документацијом) можете наћи на страници репозиторијума.
За сва питања или коментаре слободно пријавите проблем или ми пошаљите мејл.
Референце
-
Arnold, Phil, et al. “MotEvo: integrated Bayesian probabilistic methods for inferring regulatory sites and motifs on multiple alignments of DNA sequences.” Bioinformatics 28.4 (2012): 487-494. ↩