on
110 words, ~ reči, ~ речи, ~1 min read min čitanja мин читања
Omotač za MotEvo
Za jedan od svojih projekata koristio sam MotEvo. MotEvo (Arnold et al. 2012)1 je bajesovski probabilistički model za predviđanje mesta vezivanja transkripcionih faktora (TFBS) za zadati skup pozicionih težinskih matrica (PWM) i DNK sekvenci. Razvijen je u laboratoriji van Nimwegen-a na Biozentrum-u (Univerzitet u Bazelu, Švajcarska), a može se preuzeti ovde.
Nedavno sam napisao jednostavan omotač za MotEvo koji omogućava da se pokreće iz Python-a. Usput sam ga i objavio na PyPi serveru, tako da se može instalirati jednostavnim pokretanjem:
pip install motevowrapper
Više detalja (uskoro, nadam se, i sa kompletnom dokumentacijom) možete naći na stranici repozitorijuma.
Za sva pitanja ili komentare slobodno prijavite problem ili mi pošaljite mejl.
Reference
-
Arnold, Phil, et al. “MotEvo: integrated Bayesian probabilistic methods for inferring regulatory sites and motifs on multiple alignments of DNA sequences.” Bioinformatics 28.4 (2012): 487-494. ↩